拼接分析 使用兩種生物信

abdullahal@qq.c

所有情況下，小鼠的工程等位基因都是純合的。分別在 4、8、12 和 24 個月大時收集男女左腦半球的轉錄組，每組重複 6 個。RNA-Seq 資料通過並行的自動生物資訊學工作流程進行處理（補充圖 1）。使用 Trimmomatic 工具 (v0.33) 對讀數進行質量修剪和過濾 [ 54]。通過質量過濾的讀數被對映到使用 RNA-Seq 比對器 STAR (v2.5.3) [ 55 ] 由人類APOE序列增強的小鼠基因組 (GRCm38.p6) 。基因表達通過兩種方式進行量化，以實現多種



分析方法：使 的每百萬轉錄本 (TPM) ，以及使用 HTSeq-count (v0.8.0) [ 57 ] 的電話號碼資料庫原始計數。使用 R估小鼠模型中的差異表達，並且 Benjamini-Hochberg 調整的p值 < 0.05 的基因被認為是顯著差異表達的基因。 表 8 研究人群。從基於遲發性 AD 遺傳學的小鼠模型和 C57BL/6J 對照小鼠中收集 4、8、12 和 24 個月齡的兩性全腦左半球 全尺寸桌子 差異

息學工具進行差異剪接分析：DEXSeq (v1.40.0)，一種 Bioconductor 軟體包，可測量差異外顯子使用 (DEU) 作為替代，以推斷 RNA-Seq 資料中的差異剪接事件 [31 ]；和 IsoformSwitchAnalyzerR (ISAR) (v1.20.0)，它測量差異亞型使用情況，以識別亞型開關並預測由此產生的功能後果 [ 38]。在 DEXSeq 分析中，FDR < 0.1 的外顯子被認為存在顯